企业的正当商业秘密权利被侵犯，应视不同情况，分别向不同部门寻求法律保护，主要有以下四种途径：
如果此前企业与侵权人之间签订了商业秘密保护合同，并且双方自愿达成仲裁协议的，可依据《仲裁法》向双方仲裁协议中约定的仲裁机构申请仲裁。
企业与职工（包括离职的）之间因商业秘密引起的纠纷或签订劳动合同的职工，期限未满，擅自跳槽，带走企业商业秘密，侵犯企业利益的，企业可依据《劳动争议调解仲裁法》向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁是必经程序。
《反不正当竞争法》第25条规定了相应的行政责任，即对侵犯商业秘密的行为，监督检查部门应当责令停止违法行为，可以根据情节处以一万元以上二十万元以下的罚款。企业的商业秘密被侵犯后，可以向县级以上工商机关投诉，并提供商业秘密及侵权行为的有关证据。
根据《反不正当竞争法》、《民事诉讼法》等法律规定，企业的商业秘密被侵犯，可以直接向人民法院提起民事诉讼。向人民法院起诉的，要弄清人民法院的管辖范围，一般讲应向被告所住地人民法院或侵权行为地人民法院起诉。订立合同的，应向被告所住地或合同履行地人民法院起诉。
侵犯商业秘密行为构成犯罪时，权利人应向公安机关报案，由公安机关立案侦查，侦查终结的案件，移送同级人民检察院。检察院认为事实清楚、证据充分，应该追究刑事责任的，向同级人民法院提起公诉。对于犯罪行为尚未对社会秩序和国家利益造成严重危害的案件，权利人可以自行向法院提起刑事自诉。在刑事公诉或自诉程序中，权利人可以提起附带民事诉讼，要求被告人赔偿自己遭受的损失。
